הגאון הקדוש רבי יעקב שאלתיאל ניניו זצ״ל בהקדמת ספרו ״אמת ליעקב״ הוא כותב, שארבעה ניסים שנעשו לו הביאוהו להודות לה׳ על ידי הדפסת ספרו:
- בעת הרעש הגדול שהיה בטבריה, שהה רבי יעקב בבית הכנסת וקרא קריאת שמע. לאחר הרעש מצא שחמישים בני אדם שהיו סביבו נהרגו — והוא באמצעם ולא ניזוק במאומה. בגדיו היו מוכתמים בדם — אך לא בדמו שלו, אלא של ההרוגים סביבו, ויהי לנס.
- בהיותו בירושלים פרצה שם מגיפה, והוא חלה בה, אבל בחסדי ה׳ הבריא, והנס שהוא מציין: שהוא לא הדביק אחרים.
- כאשר יצא לשליחות מצוה, התנפלו שודדים על שיירתו, ובזזו את כל המשאות — מלבד אמתחתו שלו שהיתה גדושה בכספים למען עניי טבריה. היא פשוט נעלמה מעיניהם!
- הוא עמד לשהות בצפת בחג השבועות תרצ״ד, כאשר התגלה לו בחלום שתהיה שם התקוממות דרוזית וייערכו פרעות בעיר, והוא נשאר בטבריה. כהודאה על ניסים אלו, פירסם את ספרו הגדול שהאיר לדורות.